Do najstarszych, a przy tym najlepiej poznanych osad, należy Cuello w północnym Belize, pierwsza znana osada Majów okresu Preklasycznego, datowana na 1200 r. p.n.e. Spośród wielu stanowisk na obszarze południowym do najważniejszych należą: La Blanca, El Baúl, Balberta, Monte Alto, Takalik Abaj, Izapa i Kaminaljuyú. Z lat 1200–900 p.n.e. pochodzą jedne z pierwszych kamiennych stel i ołtarzy, znalezione w El Mirador na obszarze Petén. W Cuello w latach 1200–400 p.n.e. budowano domostwa z materiałów organicznych, które nie zachowały się z powodu ciepłego, wilgotnego klimatu. Ok. 900 r. p.n.e. zaczęto wznosić drewniane domy na niskich, ziemnych platformach. Domy miały owalny kształt, a ściany z desek lub z plecionki i podłogi powlekano rodzajem wapiennego tynku. W okresie 900–650 p.n.e. w Colha, Kaxob i Seibal istniały place ceremonialne. W tych miejscowościach, a także w rejonie Palenque zaznaczają się wpływy rozwijającej się równolegle kultury olmeckiej. Między 800 a 400 r. p.n.e. w bagnistej dolinie El Mirador zaczęto rozbudowywać miasta na terenach zalewanych w porze deszczowej. Aby je uchronić od powodzi zaczęto stawiać domy na nasypach. Również na nasypach zaczęto budować utwardzone drogi – sacbé. Drogi łączyły kompleksy w obrębie miast, jak i łączyły poszczególne miasta. Nasypy miały wysokość do 4 m i szerokość do 20 m, a mogły się ciągnąc na długości ponad 20 km. W środkowym okresie preklasycznym (1000–300 p.n.e.) na równinach rozwijały się El Mirador, Tikál, Altar de Sacrificios, La Lagunita, Rio Azul, Dzibilchaltún i Nohoch Ek. W tym okresie na wybrzeżu Pacyfiku i wyżynach Gwatemali pojawiło się wiele elementów typowych dla późniejszej kultury Majów. Prawdopodobnie dzięki ożywionym kontaktom handlowym między poszczególnymi osadami, a także dzięki początkom polityki dynastycznej i formowania się arystokracji (almehenob), zdobycze cywilizacyjne poszczególnych regionów, a także innych kultur (jak Olmekowie), dość szybko rozpowszechniły się na całym obszarze. Już w środkowym okresie preklasycznym (Middle Preclassic) sposób wytwarzania ceramiki stał się ujednolicony, a różnice stały się głównie stylistyczne. Pomiędzy I a połową III wieku naszej ery, a więc w tak zwanym schyłkowym okresie preklasycznym (Terminal Preclassic) powstają liczne miasta zorganizowane wokół kamiennych centrów ceremonialnych. Z tego okresu pochodzą m.in. centra Nakbé, El Mirador i Cerros, z wysokimi piramidami (do 70 metrów) o bogatej symbolice i ornamentyce wyrażonej w stiukowych płaskorzeźbach, przedstawiających maski gigantycznego ptaka. Motyw podobnego ptaka, któremu przypisywano cechy boskie lub demoniczne, literatura archeologiczna określa mianem „Głównego Bóstwa Ptasiego” (Principal Bird Deity – PBD) i utożsamia z Wuqub Kaquix (7-Ara), opisywanym w księdzie Popol Vuh, spisanej przez Majów Kicze (Quiché) w okresie kolonialnym. Pod koniec okresu preklasycznego (ok. 400 r. p.n.e.) wielkie miasta basenu Mirador, równin, jak i wyżyn, stopniowo podupadają i centra rozwoju kultury przenoszą się do innych ośrodków. Przyczyna tego upadku jest, jak dotąd, nieznana. W warstwach kulturowych pochodzących z późnego okresu preklasycznego (350 p.n.e. – 250 n.e.) i wczesnego okresu klasycznego (250–500 n.e.) znaleziono ślady pożarów. Opuszczenie miast Majów w późnym okresie preklasycznym nastąpiło nagle i całkowicie. Pozostały porzucone narzędzia i naczynia. Ponadto wiele ośrodków, jak Uaxactún, Seibal, Cerros, Becan, Colha, Komchen, Edzna czy Dzibilchaltún, zostało opuszczone w tym samym czasie.