W okresie klasycznym schyłkowym, latach 800–900, nastąpił upadek majańskiej cywilizacji, jedno z najbardziej tajemniczych wydarzeń w całej historii prehiszpańskiej Ameryki. Już około roku 700 w ważniejszych ośrodkach regionów środkowych i na nizinnym południu zaprzestano wznoszenia budowli ceremonialnych, rezydencjalnych i administracyjnych, upadały rzemiosła i dystrybucja dóbr luksusowych. Zarzucono też wznoszenie rzeźbionych stel kalendarzowych, a ostatni znany przykład takiego obiektu nosi datę 15 stycznia 910 r. i został odnaleziony w Itzimte na terenie dzisiejszego meksykańskiego stanu Campeche. Tylko niektóre miasta, jak Seibal i Caracol, rozwijały się jeszcze przez krótki okres, podczas gdy w innych liczba ludności zmniejszyła się w sposób drastyczny (do 10% w Tikálu), po czym zostały opuszczone całkowicie, zaś ruiny niektórych ośrodków odkryto ponownie dopiero w XIX wieku lub jak pozostałości miasta Aguateca dopiero w wieku XX. Nie oznacza to, że Obszar Centralny wyludnił się zupełnie. Jednak aż do przybycia jukatańskich Itzów w XIII wieku, na terenie Petén, Chiapas i dzisiejszego Belize nie powstała już żadna cywilizacja miejska. Żyjący na tych terenach Majowie Chol, Cholti, Mopan i Chorti żyli już tylko w rozproszonych, małych osadach, grupujących nie więcej niż 100 domów i pozbawionych reprezentacyjnej, kamiennej architektury. Najsilniejszy związek z dawnymi miastami Obszaru Centralnego wykazują Majowie z plemienia Lakandonów, żyjący w lasach stanu Chiapas i do końca XX wieku odwiedzający ruiny Yaxchilan, aby odprawiać tam ceremonie religijne. Nie są oni jednak potomkami budowniczych tych miast, mówiących językami z grupy Chol-Maya. Język Lakandonów jest odmianą dialektu Majów z północnego Jukatanu i wskazuje, że przybyli oni do Obszaru Centralnego w XVII – XVIII w., uciekając przed uciskiem hiszpańskich kolonizatorów. Centrum cywilizacji Majów po upadku klasycznych ośrodków przeniosło się na północną część półwyspu Jukatan. W miastach Uxmal, Edzná, Oxkintok, Labná, Sayil i Kabáh, które znajdowały się w szczytowym momencie swego rozwoju, wzniesiono ogromne budowle i rozkwitał architektoniczny styl Puuc, słynący z bogato rzeźbionych elewacji budynków. Na wschód od niego pierwszy okres świetności przeżywało Chichen Itza, którego starsza, przedtoltecka dzielnica również nosi znamiona stylu Puuc. W latach 770–896 ważnym ośrodkiem wschodniego Jukatanu stało się miasto Ek’ Bahlam, stolica regionalnego królestwa Talol. Z północnego Jukatanu brak jest jednak obszernych inskrypcji kalendarzowych i dynastycznych, a nieliczne zapisy są bardzo słabo zachowane, częściej odnotowując przebieg rytuałów religijnych niż wydarzenia polityczne. Mimo to udało się odtworzyć nieliczne imiona władców jukatańskich miast, m.in. Chaak, rządzącego w Uxmal około roku 909, K’ahk’upakal, rządzącego w Chichen Itza w latach 870–890 oraz Ukit Kan Le’K Tok’, rządzącego w Ek’ Bahlam i zmarłego około roku 814. Ze względu na złożoność, którą osiągnęła kultura Majów okresu klasycznego, jest mało prawdopodobne, że jej upadek (utożsamiany potocznie z upadkiem cywilizacji Majów w ogóle) mógł zależeć od jednego czynnika. Formułowano więc różne hipotezy, które przypisywały większe znaczenie czynnikom wewnętrznym, powodującym destabilizację, jak na przykład ogromna przepaść między klasami społecznymi, czy też nadmierny wzrost liczby ludności i jego skutki związane ze środkami utrzymania i możliwym niezadowoleniem z powodu braku żywności. Obecnie duże znaczenie przypisuje się katastrofie ekologicznej, związanej z przeeksploatowaniem zasobów naturalnych, na którą nałożyły się długotrwałe susze, trwające od 800 do 1050 r., udokumentowane dzięki badaniom geochemicznym. Mówiąc o przyczynach zewnętrznych koncentrowano się z jednej strony na zniszczeniu tradycyjnych sieci handlowych – upadek Teotihuacanu rozpoczął się około 700 roku – co spowodowało utratę bogactw, prestiżu i władzy przez część elity panującej. Ponadto, u schyłku okresu klasycznego Obszar Centralny został najechany prawdopodobnie przez zmeksykanizowane grupy Majów z terenów dzisiejszego stanu Tabasco (zwane Putún lub Chontal), co doprowadziło do pojawienia się licznych elementów środkowomeksykańskich w m.in. w sztuce miasta Seibal (stela z 849 r. przedstawia tam osobnika o imieniu Wat’ul, o fryzurze i wyglądzie ewidentnego cudzoziemca, ale noszącego klasyczne majańskie insygnia władzy). Fakt, iż centra Majów zostały opuszczone, nie oznacza, że całkowicie znikła ich kultura. Jak to się dzieje we wszystkich procesach kulturowych, nowe warunki spowodowały głęboką transformację społeczeństwa w taki sposób, że pewne charakterystyczne cechy (np. kult steli i inskrypcje kalendarzowe w Długiej Rachubie) zanikły zupełnie, podczas gdy inne uległy modyfikacji i ułatwiły adaptację kultury do nowych czasów.