Dla Majów, tak jak i dla przytłaczającej większości mezoamerykańskich Indian, przybycie hiszpańskich konkwistadorów zakończyło się klęską, w aspekcie zarówno biologicznym, jak i kulturowym. Przyczyny dramatycznego spadku liczby ludności, którego początkiem była konkwista, są tylko częściowo poznane. Nowe choroby, na które Indianie nie byli odporni i ciężka eksploatacja, której zostali poddani w ciągu wieków, doprowadziły do wymarcia licznych grup etnicznych i rozpadu społeczeństwa tych, którzy przeżyli. W XVI wieku ziemie Majów, a zwłaszcza Jukatan i płaskowyż Gwatemali, były politycznie zorganizowane w małe państewka, walczące ze sobą o hegemonię. Pierwsze kontakty między Majami, a Hiszpanami sięgają roku 1502, kiedy Krzysztof Kolumb podczas swej czwartej podróży spotkał w Zatoce Hondurasu płynących na łodziach majańskich kupców. Parę lat później w 1511 roku, dwudziestu rozbitków z hiszpańskiego statku, wiozącego z Darién prokuratora Juana de Valdivia, dotarło do wschodniego wybrzeża Jukatanu, gdzie wszyscy zostali schwytani przez Majów, a niektórzy złożeni w ofierze bogom. Franciszkanin Gerónimo de Aguilar, jeden z dwóch pozostałych przy życiu rozbitków, po wielu przygodach nawiązał kontakt z Hernanem Cortesem w czasie jego pierwszej ekspedycji w tym regionie w 1519 roku. Drugi z rozbitków, Gonzalo Guerrero, ożenił się z córką Nachan Kaana, władcy państewka Chetumal i został dowódcą jego wojowników. Dlatego odmówił powrotu na wezwanie Cortesa, stając na czele oporu Majów przeciwko Hiszpanom. Prawdopodobnie zginął w walkach na terenie Hondurasu dopiero w 1536 roku. W roku 1517 wybrzeża Jukatanu spenetrował Francisco Hernández de Córdoba. Najpierw dotarł do stolicy jukatańskiego państewka Ecab („Gran Cairo”), gdzie po raz pierwszy Hiszpanie zetknęli się z monumentalną, kamienną architekturą, tak charakterystyczną dla kultur Mezoameryki. Następnie Córdoba wylądował w mieście Champoton. Majański władca tego ostatniego, Moch Cuoch, rozkazał swoim wojownikom zejść do portu i zaatakować Hiszpanów, co zakończyło się całkowitą klęską konkwistadorów, zaś sam Córdoba zmarł z ran podczas powrotnego rejsu do Hawany. Już wczesne kontakty z Hiszpanami przyniosły ogromne szkody Majom z Jukatanu, którzy przeżyli pierwszą wielką epidemię, być może ospy, w latach 1515 i 1516. Sytuacja nie zmieniła się w latach późniejszych – w 1517 i 1518 na Jukatanie dochodziło do konfliktów zbrojnych. Hernán Cortés wrócił na półwysep w 1524 roku, a w 1525 przeszedł region centralny i nizinne południe, poznając Tayasal, stolicę Itzás. Po drodze nawiązał też przyjazne stosunki z władcą Majów Chontal z Akalan (Itzam K’anak), PaxB’olon Acha. Władca ten został przyjacielem Cortesa oraz wasalem hiszpańskiej korony jako don Pablo Pax’B’olon. Kiedy jeden z oficerów Cortesa, Pedro de Alvarado wraz z indiańskimi sojusznikami Tlaxcalanami przybył w 1524 roku na ziemie górskich Majów w Gwatemali, napotkał silny opór Indian Kicze, podczas gdy odwieczni rywale tych ostatnich: Tzutzuhil i Cakchiquel (Kakchiquel) stali się sprzymierzeńcami Hiszpanów. Dnia 20 lutego 1524, w miejscowości Quetzaltenango, Alvarado pokonał armię Kicze pod wodzą księcia Tecún Umán, osobiście zabijając go na polu walki, po czym wkroczył do ich stolicy Gumarcaah (Q’umaraq aj). Podejrzewając zasadzkę, powiesił króla Oxib-Queh i jego zastępcę Beleheb-Tzi, a następnie spalił miasto. Wracając do Meksyku zdobył jeszcze (po kilkumiesięcznych oblężeniach) dwa ufortyfikowane miasta: Mixco Viejo, stolicę plemienia Pokomam, oraz Zaculeu, twierdzę plemienia Mam, w której zamknął się wódz Kayb’il B’alam, z grupą około 5000 wojowników. Większość sojuszy hiszpańsko-majańskich trwała krótko i w niedługim czasie rozpoczęła się kolonizacja, oparta na eksploatacji ziemi oraz zamieszkujących ją Indian. W 1526 wybuchło jednak w Gwatemali powstanie Indian przeciwko kolonizatorom. Na jego czele stanęli ostatni władcy Kicze (Tecum i Tepepul) oraz Belehé-Qat, król Cakchiquelów. Rebelianci zostali jednak pokonani, zaś zbuntowani królowie powieszeni w 1540 roku, po długim okresie uwięzienia. Powstania wybuchały później przez cały okres kolonialny (m.in. w 1712 i 1868), szczególnie wśród górskich Majów Tzeltal i Tzotzil. Ostatnio konflikty takie mogliśmy obserwować w meksykańskim stanie Chiapas w 1994 roku, w postaci powstania zapatystów. Podbój Jukatanu trwał znacznie dłużej, z uwagi na rozdrobnienie polityczne tego terenu. W 1531 roku Francisco de Montejo Starszy, założył miasto Campeche. Jego syn zdobył miasto Saki (dzisiejsze Valladolid), gdzie rezydował potężny dowódca wojskowy NaKajun Noj i namiestnik (batab) Tzuk Kupul. W walkach zabity został przez Hiszpanów sam władca prowincji, NaOb’on Kupul. Następnie konkwistador dotarł do ruin Chichén Itzá, które ogłosił stolicą hiszpańskiego Jukatanu. Jednak po kilku miesiącach okoliczni Majowie powstali przeciwko najeźdźcom, zmuszając ich do ucieczki. W 1540 roku Francisco de Montejo Młodszy najechał Jukatan jeszcze raz, zakładając miasto Merida na ruinach majańskiego T’ho. Ah Kukum Xiu, władca pobliskiego Maní sprzymierzył się z Hiszpanami, przyjął chrzest i szlachecki tytuł hidalgo, dążąc do uzyskania sojuszników przeciwko swoim odwiecznym wrogom – wywodzącemu się z Mayapanu rodowi Cocom. W 1546 połączone siły Hiszpanów i Xiu zwyciężyły armie państewek Majów wschodniego Jukatanu, oficjalnie kończąc konkwistę półwyspu. Tayasal (Nojpeten), miasto Majów z plemienia Itzá przetrwało jednak na wyspie ukrytego w lasach jeziora Petén Itzá kolejne 150 lat. Dopiero 13 marca 1697 roku hiszpańska piechota, dowodzona przez jukatańskiego kapitana Martína de Ursua, dotarła na wyspę okrętem (galeota), którego elementy przetransportowano wcześniej lądem. Podczas szturmu zginęły prawdopodobnie setki obrońców, zaś ostatni władca Nojpeten, Ajaw Kan’Ek (który na chrzcie otrzymał imiona Joseph Pablo), spędził resztę życia, wraz ze swym synem, w areszcie domowym w Santiago de Guatemala. Również na porośniętych dżunglą nizinach powstania Majow wybuchały przez cały okres kolonialny, osiągając kulminację w XIX-wiecznej tzw. wojnie kast (Guerra de Castas). Podbojowi towarzyszyła zagłada rdzennej kultury Majów. Konkwistadorzy narzucili im nowe ramy administracyjne, religię, częściowo język. Wszystkie pisma Majów utrwalone na nietrwałych materiałach – drewnie, skórze, papierze, zostały celowo zniszczone, często spalone na stosie, głównie przez księży katolickich.